İsmail Bey Camisi’nin (Eski Cami) yanında bulunan Durakhan kitabesinden öğrenildiğine göre, Selçuklu veziri Müinüddin Süleyman Pervane tarafından 1246 yılında yaptırılmıştır. İç Anadolu ile Karadeniz bölgeleri arasındaki ticaret yolu üzerindeki han, yöre halkı ve yolcular tarafından Durakhan olarak anılmıştır. Bu nedenle de bulunduğu ilçenin adı Durakhan olmuş, zamanla halk dilinde Durakhan Durağan’a dönüşmüştür. Hanın kitabesi yerinden düştükten sonra korunması için İsmail Ağa Camisi’nin duvarına konulmuştur. Bu kitabeden Bekir Başoğlu Boyabat isimli kitabında söz etmektedir. Kitabe: ”Emre bi imareti hazin - i Han İl menrure fi eyyami Devlet -iz Sultan. El a'zam Şehinşah ile muazzam itibar üd-dünya ve'ddin Ebül Fatih Teyhüsrev. El isfehar i-muazzam Melik-i Mülük İl-Ümera vel-vüzera emin üd Devleti ve'ddin avn ül-islam. Perdvenetü A'zam Süleyman ibnü Ali a'lellahü şenehü nazara ehell ül abdi aakarühüm güher başübnü Abdillahfi zilhicce sene erbaun , sittine ve sittemiye.” Arapça olarak yazılmış olan bu kitabenin mealen anlamını Bekir Başoğlu şöyle açıklamıştır: “İslam’ın ve Müslümanların dinin ve devletin yardımcısı vezir, emir ve meliklerin meliki dünyanın ve dinin itibarı Fatih'ler babası Ulu Sultan Keyhüsrev'in emriyle bu Kervansarayı h.644 (1246) yılında büyük Pervane Süleyman bin Ali yaptırmıştır. İnşaatı kulların fakiri Kühürbaş Bin Abdullah nezaret etmiştir.” Han moloz taş ve kesme taştan kireç harçlı olarak yapılmıştır. Dikdörtgen planlı han 22.50x14.00 m. ölçüsünde bir iç avlusu bunun çevresinde de 13 odadan, aşevi, hamam ve mescitten meydana gelmiştir. Selçuklu sanatının özelliklerini yansıtan han, açık avlulu han örneklerindendir. Hanın girişi üzerinde geometrik bezemeler ve kitabesi bulunmaktadır. Bu kitabe İsmail Bey Camisi’nin duvarına sonradan konulmuş ve hanın 1989-1992 yılları arasında restorasyonun yapıldığı sırada da bu kitabe tekrar eski yerine konulmuştur. Girişin iki yanında diğer han odalarından farklı iki oda bulunmaktadır. Bu odalar hanın güvenliğini sağlayanlar ile hana girişi kontrol edenlere aitti. Avludaki han odaları ve arkasına yaslandığı hanın duvarları oldukça kalındır. Aynı zamanda buraya içerisinin aydınlatılması ve havalandırılması için mazgal pencereler açılmıştır. Hücreler beşik tonoz örtülüdür. Bunlardan ilk bölümdeki odalar hana konaklamak için gelenlerin dinlendikleri yerlerdir. İkinci bölüm hanın sağ tarafında yer alır. Bu bölümün ne amaçla kullanıldığı kesinlik kazanamamakla beraber ibadethane olarak kullanıldığı da iddia edilmiştir. Durakhan döneminin en sağlıklı işlevi olan yapılarından birisidir. Sağdaki bölümde hanın hamamı, mutfağı da bulunmaktadır. Bu hamamdan yalnızca bir duvar kalıntısı günümüze gelebilmiştir.